大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。
研究木遁 研究柱间细胞 木叶高层曾试图在自愿成为试验体的成年人身上进行的柱间细胞移植试验，试图培养出能使用木遁的使用者，然而却不断失败，增加不少牺牲者，因此这番尝试被立即终止。
然而大蛇丸却依然暗中进行着已经被终止的柱间细胞移植试验，大蛇丸陆续绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿，他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去...随着岁月的流逝，令大蛇丸吃惊的是，一个试验体婴儿存活了下来，而这名婴儿就是后来的大和。
叛逃木叶 后来，大蛇丸在准备处理试验尸体的时候，因为其他的实验暴露，令第三代火影及暗部留意到他的古
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